La taille de la cavité decyclodextrineles molécules peuvent correspondre aux molécules invitées, et les groupes hydroxyles situés aux bords de la cavité peuvent former des liaisons hydrogène avec les molécules invitées. La nature hydrophobe de l'intérieur lui permet d'encapsuler des molécules lipophiles. Par conséquent, il possède la capacité de reconnaître et d’interagir sélectivement avec des molécules organiques. Il a été appliqué avec succès dans diverses méthodes chromatographiques et électrophorétiques pour séparer divers isomères et énantiomères.
De nombreux médicaments ou leurs précurseurs possèdent au moins un centre chiral et souvent un énantiomère est actif tandis que l'autre est inactif, voire toxique. L'utilisation de cyclodextrine ou de polymères de cyclodextrine améliore la technologie de séparation des énantiomères, en particulier avec la cyclodextrine modifiée par molécule chirale. Par exemple, Tang Kuowen et al. utilisé-cyclodextrinepolymère comme phase stationnaire, polydiméthylsiloxane comme diluant et chromatographie en phase gazeuse pour séparer les isomères de position et les isomères chiraux d'une série de composés aromatiques. Les résultats expérimentaux indiquent que cette cyclodextrine présente une forte capacité de reconnaissance chirale, démontrant notamment des capacités de séparation significatives pour les énantiomères des alcènes, cétones, esters, etc.
